В 1847 г. первый Преосвященный Ставропольский Иеремия повелел открыть в 3-х верстах к северу от Ставрополя женскую общину под названием Иоанно-Мариинской обители. По его мысли она должна была служить местом иноческого жития вдов и круглых сирот духовного звания, а также для страждущих тяжкими болезнями из других сословий.
   Общество г. Ставрополя к устройству обители отнеслось благожелательно и приветствовало решение епархиального начальства. Оно помогало становлению нового монастыря не только деньгами, но и при строительстве двухэтажного каменного дома, где разместилась больница. Дом этот находился за оградой монастыря.
   В 1851 г. сменивший Преосвященного Иеремию Епископ Иоанникий ходатайствует перед Святейшим Синодом об изменении статуса Иоанно-Мариинской общины в монастырь. Синод утвердил это ходатайство. В 1852-63 гг. в обители произошло много перемен. Стараниями святителя Игнатия Брянчанинова пустынь была возведена во второклассный монастырь, а настоятельница монахиня Серафима – в сан игумении. Преосвященный Феофилакт, прибывший на место святителя Игнатия, совершил первый постриг избранных сестер.
   Во время русско-турецкой войны 1877-78 гг. сестры изготовляли все необходимое для военных лазаретов. Сами монахини в качестве медсестер ухаживали за ранеными и больными воинами.
   Первой настоятельницей игуменией Серафимой в Иоанно-Мариинском монастыре были установлены порядки в соответствии с уставом Афонских монастырей.
   К началу XX века Иоанно-Мариинский монастырь вошел в число крупнейших на Юге России (около тысячи монахинь и послушниц). В монастыре было пять храмов, школа для девочек, художественные мастерские.

   В 1921 году монастырь был разогнан. На территории последовательно находились колония для беспризорников, дом отдыха и – с послевоенных времен – филиал психиатрической клиники. За прошедшие более 80 лет многое разрушено, оставшиеся строения находятся в ветхом состоянии. Однако долгое время руководство клиники отказывалось от обсуждения вопроса о возвращении монастыря Церкви.
   В течение 2004 года благодаря содействию губернатора Ставропольского края А. Черногорова и председателя Госдумы края Ю. Гонтаря начался поэтапный процесс передачи зданий и территории монастыря Епархии.
   В настоящее время в монастыре находится восемь монахинь. Сестры окормляются в расположенном в непосредственной близости от монастыря (на старом монастырском источнике) храме преподобного Серафима Саровского, одновременно ведутся работы по восстановлению одного из сохранившихся монастырских храмов.